До Модерната епоха социалното изключване на база различна религия е правило и лежи в основата на тогавашните закони. Едва Просвещението прокламира естествените човешки права и свободи като мярка за правов ред и база за обществения договор, а националните държави ги включват в своите конституции и закони. От списъка с граждански права и свободи могат да се посочат няколко, пряко свързани с религиозната сфера.
Правото на свободен избор и практикуване на религия има няколко значими характеристики: има фундаментален характер, защото е ценност от висш порядък и защото без гарантираното й упражняване гражданското общество е немислимо; изисква допълнителна защита и гаранции;има личен характер, понеже упражняването му не се обуславя от съществуването на някаква правно-организационна форма, санкционирана от държавата. Религията може да се практикува свободно от регистрирано вероизповедание или обединение от вярващи, въпреки че не са се регистрирали като юридическо лице, и от отделния вярващ.Правото на свобода на съвестта представлява правото на всеки да има свои собствени разбирания за заобикалящия го свят, за добро и зло, да избере сам своя религия или убеждения (включително атеистични) и да може да ги променя и изповядва.
За първи документ, провъзгласяващ религиозни свободи, се смята Аусбургският религиозен мир, сключен между католиците и протестантите през 1555 г. в Свещената Римска империя. Нантският едикт, издаден през 1598 г. от крал Анри ІV, дава религиозни права на протестантите (хугеноти). Вестфалският мирен договор (1648) провъзгласява принципа на веротърпимост и изравнява правата на католици и протестанти. Триумф на просвещенските идеи е Декларацията за правата на човека и гражданина, утвърдена от френските Генерални щати в самото начало на Великата френска революция (1789).
След Втората световна война новосъздадената ООН приема за свой основополагащ документ Всеобща декларация за правата на човека (1948). През 50-те год. на ХХ в. Съветът на Европа (СЕ) приема Европейската конвенция за правата на човека и основните свободи. Тези нормативни рамки са развити още по-подробно в Хартата на основните права на Европейския съюз (2007).
В съвременността религиозната материя рядко се урежда в междудържавни договори. Регламентиращи документи за уреждането на религиозната материя в една държава са нейната конституция, закони и подзаконови актове. Религиозната сфера е предмет на различни закони: специални (за изповеданията или за църквата) и граждански (за лицата, семейството, наследството и др.), и подзаконови актове.
Съществуват два типа режими на регистрация на религиозните общности. Първият тип изисква пряко административно разпореждане (дискреция) и въвежда йерархически принцип на отношенията държава – вероизповедания. Вторият тип е вероизповеданията да придобиват статут на юридическо лице по съдебен ред. Така изпълнителната власт не се намесва във вътрешноорганизационния живот на религиозните общности, а двете страни съблюдават принципите на равнопоставеност, партньорство и диалог.