Наличието на институции, ангажирани с религиозното разнообразие в отделните държави, техните особености и функциониране, са съществена предпоставка за наличие или не на религиозен плурализъм.
Основни институции, чиято дейност е насочена към религиозната сфера, са държавните. Законодателната власт приема и променя конституции и закони, изпълнителната власт ги прилага със съответните си органи, а съдебната власт има правомощия да регистрира изповеданията, да разглежда техните искове по граждански и наказателни дела. В повечето държави, където е установен режим на моно- и олигополизъм, институциите (дирекции, бюра, агенции и др.) са подчинени или присъединени към самото правителство или към министерствата на външните работи или правосъдието. В държавите с федеративно и конфедеративно устройство обикновено съществуват институции както на национално (федерално), така и на местно (щатско, провинциално, кантонално и др.) равнище.
Преценката на институционалните условия за съществуване на религиозен плурализъм се извършва или от независими международни организации чрез техни годишни доклади или от социологически агенции и научни институти, които използват специални скàли. Управлението на религиозното разнообразие се осъществява и от редица религиозни институции – църкви, конгрегации, общини, общности, училища, фондации, НПО и др. От изключителна важност са тяхната структура, механизмите на членство, функционирането им, тяхната практика и режими на легитимност.
Съществен елемент от институционалното осигуряване на религиозното разнообразие представляват образователните институции. Почти всички религиозни общности поддържат религиозни училища (начални, основни, средни и висши). Като частни институции, те не винаги разполагат с държавна подкрепа. Религиозно обучение съществува и в държавните училища. НПО (асоциации, фондации и др.) с религиозни цели са позволени от повечето законодателства по света.
Една от институциите, свързани с международното осигуряване на религиозния плурализъм, е Европейският съд по правата на човека (1998, Страсбург, ЕСПЧ). В религиозната сфера ЕСПЧ решава дела за прозелитизъм, осиновяване, регистрация и експулсиране. В него се водят и дела от името на физически или юридически лица срещу отделни държави. Една от организациите с най-много дела (като ищец или ответник) е Свидетели на Йехова.
Международните институции, ангажирани с религиозното разнообразие, са религиозни съюзи, федерации и движения (напр. икуменическият Световен съвет на църквите). Съществуват и такива, които ежегодно изготвят доклади за състоянието на свободата на религията по света. Организацията Хюмън райтс уоч е правозащитна международна мрежа, целяща да защитава човешките права.